在洁净实验室建筑的设计中，必须确保净化室干净易清洁，防止内部和外部污染，防止微粒产生的滞留和积累。使用性能可靠的净化室的建筑设计，确保施工设备的安全运行，并在发生故障时确保人员和财产的安全。主结构应具备洁净室的技术和设备水平、建筑处理和转世水平、净化设备的耐用性和耐火性，装饰应与设备水平相协调，以使其长期发挥作用。能够适应未来变化的设施应能灵活地清理厂房的建筑平面和空间布局，并为生产过程的调整创造条件。主体结构应采用大空间大跨度柱网，不应采用内墙承重体系。这样，就可以在不增加面积和高度的情况下调整工艺和生产设备。
洁净实验室的管线非常复杂，所以对这些管线均采用隐蔽组织方式。具体隐蔽组织方式有以下几种。 （1）顶部技术夹层：在这种夹层内一般因送、回风管的断面比较大，故作为夹层内首先考虑的对象。一般将其安排在夹层的上方，其下安排电气管线。如果这种夹层的底板可承受一定重量时，可以在上面设置过滤器及排风设备等。 （2）房间技术夹层：这种方式和只有顶部夹层相比，可以减少夹层的布线与高度，可以省去回风管道返回上夹层所需的技术夹道。在下夹道内还可设回风机动力设备配电等，某层洁净室的上夹道可以兼做上一层的下夹道。
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