洁净实验室的管线非常复杂，所以对这些管线均采用隐蔽组织方式。具体隐蔽组织方式有以下几种。 （1）顶部技术夹层：在这种夹层内一般因送、回风管的断面比较大，故作为夹层内首先考虑的对象。一般将其安排在夹层的上方，其下安排电气管线。如果这种夹层的底板可承受一定重量时，可以在上面设置过滤器及排风设备等。 （2）房间技术夹层：这种方式和只有顶部夹层相比，可以减少夹层的布线与高度，可以省去回风管道返回上夹层所需的技术夹道。在下夹道内还可设回风机动力设备配电等，某层洁净室的上夹道可以兼做上一层的下夹道。
洁净实验室工程中的暖通空调系统：实验室排气涉及到实验室人员的安全和舒适，必须严格控制排气效果、噪声和节能等因素。通常是为了避开实验室。实验室风流方向应从低风险区流向高风险区，气流设计应从办公区、走廊等辅助区域流入实验室，以保持实验室内适当的负压，确保实验室内的气流不漏入走廊。为了保证效果，必须采用变风量排气系统。同时，应采取有效的变风量补充措施，保持实验室内适宜的负压(5≤10)Pa，室内温度不受送风的影响。这与普通办公室暖通空调的要求也不相同。
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