实验室的节能设计通常采用绿色建筑的理念。实验室比较大的能耗是由通风柜或设备排气带走的空气能量，因此，实验室的通风和空调设计是节能的重点。如果这两组之间不可能有区别的话，那么，实验室的通风和空调设计就是重点。通风柜在工作时应持续向外通风，房间内的冷热室内空调空气应在夏季和冬季持续排出室外，以增加大量的能源消耗。"为此，我们有几种设计方案：(1)自然补风：在设置通风柜的房间内打开窗户，使大量的连续排风量在保持正常回风量的同时，主要来自室外新鲜空气供应。然而，正是这种未经温湿度处理的新鲜空气对室内环境温湿度产生了负面影响，即实验室在冬、夏两季都是冷热的，因此不推荐将此方案作为主流做法。一项改进是在室内设置一个直接的进风口，但风要经过额外的盘管处理(根据需要加热和冷却)，然后填充到室内，这样房间的温度就可以提高，也就是说，在春季和秋季可以直接补充空气，冬天和夏天可以适当地加热和冷却空气，这样环境温度就可以在一个可接受的范围内。
这种空调系统热源和冷源集中，对空气的基本参数的调整易于实现，它处理空气量大，也便于净化参数控制，运行可靠，是目前大型集群式净化实验室的选择方式。分散式洁净室空调系统大多局限于局部实验室需要净化处理的情况，把单独的空调处理系统安置在净化实验室或净化实验室的不同区域，在出风口通过各类过滤器和净化装置如风机过滤单元(FFU)对空气进行净化处理，每一个末端处理系统可以单独对空气参数进行调节，也可以实现对不同净化实验室净化等级的控制。
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