用于洁净实验室的空调通风系统有两类，一类是集中式、一类是分散式。前者适用于集群式、多房间、多要求、多功能的洁净实验室，优点是便于管理，远离噪声、降低成本。后者适用于规模较小的洁净实验室或有着单独特性要求的实验室，优点是控制精细、针对性强。在选型实际中，人们往往会根据资金、能耗来选择空调的类型，忽略了选型的根本是为了满足需要，满足净化标准要求。在选型之前，一定要领会净化实验室的用途和实验内容、实验仪器设备、实验对象对空气参数和环境要求的具体事项，然后有的放矢地提出有针对性的净化标准，应该考虑的内容要包括：实验室的面积、楼层高度、实验室的总高度和净化实验室围护后的高度;希望达到的温度、相对湿度、风速、静压、静压差等;实验室内要求的洁净等级、噪声标准、无菌要求等等，综合考虑这些因素后，提出一个适宜的资金要求，从而确定空调通风系统的具体形式和类型。
在洁净实验室建筑的设计中，必须确保净化室干净易清洁，防止内部和外部污染，防止微粒产生的滞留和积累。使用性能可靠的净化室的建筑设计，确保施工设备的安全运行，并在发生故障时确保人员和财产的安全。主结构应具备洁净室的技术和设备水平、建筑处理和转世水平、净化设备的耐用性和耐火性，装饰应与设备水平相协调，以使其长期发挥作用。能够适应未来变化的设施应能灵活地清理厂房的建筑平面和空间布局，并为生产过程的调整创造条件。主体结构应采用大空间大跨度柱网，不应采用内墙承重体系。这样，就可以在不增加面积和高度的情况下调整工艺和生产设备。
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