在洁净实验室建筑的设计中，必须确保净化室干净易清洁，防止内部和外部污染，防止微粒产生的滞留和积累。使用性能可靠的净化室的建筑设计，确保施工设备的安全运行，并在发生故障时确保人员和财产的安全。主结构应具备洁净室的技术和设备水平、建筑处理和转世水平、净化设备的耐用性和耐火性，装饰应与设备水平相协调，以使其长期发挥作用。能够适应未来变化的设施应能灵活地清理厂房的建筑平面和空间布局，并为生产过程的调整创造条件。主体结构应采用大空间大跨度柱网，不应采用内墙承重体系。这样，就可以在不增加面积和高度的情况下调整工艺和生产设备。
由于具有不同的等级要求，洁净实验室的建设根据百级、万级、十万级等对应着不同的建设标准。通常来说，为达到洁净等级，主要通过工艺布置、建筑平面、建筑构造与装修、空气洁净措施、人员和物料净化、维护管理等渠道来实现。医院手术室净化工程或医疗洁净室，对空气洁净度要求很高。特殊的建筑区域，如隔离室、特定的测试和护理区域还需要使用高效过滤器对空气进行过滤处理。手术室顶部一般采用有效空气过滤系统，覆盖面积达3×3m以上。
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