洁净实验室的管线非常复杂，所以对这些管线均采用隐蔽组织方式。具体隐蔽组织方式有以下几种。 （1）顶部技术夹层：在这种夹层内一般因送、回风管的断面比较大，故作为夹层内首先考虑的对象。一般将其安排在夹层的上方，其下安排电气管线。如果这种夹层的底板可承受一定重量时，可以在上面设置过滤器及排风设备等。 （2）房间技术夹层：这种方式和只有顶部夹层相比，可以减少夹层的布线与高度，可以省去回风管道返回上夹层所需的技术夹道。在下夹道内还可设回风机动力设备配电等，某层洁净室的上夹道可以兼做上一层的下夹道。
由于具有不同的等级要求，洁净实验室的建设根据百级、万级、十万级等对应着不同的建设标准。通常来说，为达到洁净等级，主要通过工艺布置、建筑平面、建筑构造与装修、空气洁净措施、人员和物料净化、维护管理等渠道来实现。医院手术室净化工程或医疗洁净室，对空气洁净度要求很高。特殊的建筑区域，如隔离室、特定的测试和护理区域还需要使用高效过滤器对空气进行过滤处理。手术室顶部一般采用有效空气过滤系统，覆盖面积达3×3m以上。
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